《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条约定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

同时，根据《建筑法》、《建设工程质量管理条例》的规定，我国对建筑工程实行质量保修制度。承包人应该在保修期内对建设工程承担保修义务。因此，建设工程合同一般会对保修期和质保金作出约定。

那么，在合同无效的情况下，发包人主张按照合同约定在工程款中扣留一定比例的质保金，应如何处理？

对于该问题，存在两种观点，在司法实践中也有不同的处理方式。

第一种认为，合同无效，则关于质保金的约定亦无效。质保金本质上是未到期工程款，包含在折价补偿的范围内。

第二种认为，虽然合同无效，但承包人承担保修责任是法定义务，此时可参照适用合同中关于质保金的约定。如果不允许扣留质保金，对发包人明显不公平。

《北京市高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》第31条：建设工程施工合同无效，但工程经竣工验收合格并交付发包人使用的，承包人应依据法律、行政法规的规定承担质量保修责任。发包人要求参照合同约定扣留一定比例的工程款作为工程质量保修金的，应予支持。

泾阳某建筑劳务有限公司与浙江某交通建设有限公司建设工程施工合同纠纷申请再审案，最高院认定，建设工程施工合同无效。因案涉工程保修期为5年，案涉工程2010年11月交工验收，至2013年7月24日二审判决作出之日，尚未满5年保修期。……因此，二审判决关于泾阳某公司33万元保证金待质保期届满时双方再行结算的认定并无不当。

此外，最高院还在长春某集团汽车贸易有限公司与长春某集团某建设股份有限公司建设工程施工合同纠纷审判监督案例中明确，合同无效，经修复后验收合格，质保金可优先抵扣修复费用。

综上，笔者同意第二种观点。首先，原则上讲，合同无效后，除了争议解决条款仍然有效，其他条款均已无效。按照合同约定支付工程价款并不是对无效合同结算条款效力的肯定，而是对折价补偿标准的确定。

其次，建设工程施工合同无效，合同约定的质保金及质量保修期条款亦无效，但不等于承包人可以不再承担工程质保责任。承包人承担质量保修责任是基于法律、行政法规的规定，而不是双方合同的约定。从这个角度讲，质保金不是简单的未到期工程款，而是具有担保作用。保证在保修期内出现质量问题时，承包人能够及时修复瑕疵，在发包人自行修复的情况下可从质保金中扣除相应费用，对于保证建筑的安全至关重要。

最后，在建设工程施工合同无效，特别是由于承包人的过错导致无效的情况下，如超越资质等级、借用资质等，如不允许发包人预留一定比例的质保金，则相当于承包人将因合同无效而获得更大的利益，会造成发包人和承包人之间的利益失衡。

因此，笔者认为，在合同无效的情况下，承包人请求工程款，应允许发包人参照合同约定扣留质保金，在质保期满后再退还。